Neste ambiente estão disponíveis uma grande variedade de medicamentos para analgesia, antibioticoterapia, antiinflamatórios, antifúngicos e afins. O laboratório conta com estrutura para realização de diversos exames como: microscópio para leitura de hemograma, citologia, bacteriologia e exame de fezes (coproparasitologico); estufa para exames de microbiologia, que consideram um kit comercial para identificação das bactérias, e antibiograma; centrífuga de capilar para hematócrito e refratômetro para leitura de proteína total  além do aparelho para realização de bioquímica sanguínea que permite a avaliação de função hepática, função renal e dosagem de eletrólitos. Tais ferramentas diagnósticas são de grande importância na prática clínica, pois auxiliam nossa equipe no direcionamento dos tratamentos e diagnóstico de enfermidades. Há ainda no local uma autoclave para esterilização de todo material cirúrgico utilizado na Divisão de Veterinária. A sala de internação conta com dezenas gaiolas, de tamanhos variados, nas quais os animais enfermos são confortavelmente acomodados, passando todo período de tratamento sob observação constante da equipe.

Uma importante atribuição da equipe de veterinários do Parque está na recepção animais que chegam para fazer parte do plantel. Os animais que chegam ao Parque passam por um período de quarentena, com tempo médio de 45 dias, com variações pontuais, conforme recomendado para a espécie. O Parque das Aves adota protocolos diferenciados, de acordo com o grupo ao qual a espécie pertence. Durante este período os animais permanecem isolados e são realizados diversos exames. Este procedimento de quarenta é uma importante medida de biossegurança pois visa a detecção  precoce e controle de doenças que possam causar riscos a sanidade destes e dos demais animais que se encontram no Parque das Aves. É neste momento que realizamos coletas de amostras biológicas para exames laboratoriais que visam verificar o estado de saúde de cada indivíduo. Estão habitualmente previstos na rotina de quarentena de animais no Parque das Aves os seguintes exames: hemograma completo, bioquímica sérica, exame coproparasitológico, cultura de fezes e pesquisa de ectoparasitos e hemoparasitos e exames de PCR (biologia molecular). Adicionalmente podem ser realizados outros exames como  radiografias, endoscopia e biópsias, sempre que necessário. O Parque das Aves possui dois prédios destinados a recepção de animais, uma quarentena principal, localizada em terreno a 3,5 km do Parque e outra auxiliar, afastada da área de visitação, mas dentro das imediações do Parque das Aves. A quarentena de apoio recebe animais com maior necessidade de cuidados veterinários, como filhotes e ou animais enfermos entregues por órgãos ambientais, devido a proximidade com a Divisão de Veterinária, e a Quarentena Principal recebe todos os outros animais destinados ao Parque. Os dois locais, de 70m² e 140m², destinados para quarentena são construções de alvenaria, nas quais há local para paramentação dos tratadores que fazem o manejo diário dos animais, com fluxo unidirecional, e ambulatórios para atendimento veterinário exclusivo aos animais ali mantidos.